Trudno powiedzieć na pewno, co je wężowatego wężoryba, bo mało badań dotyczy ich drapieżników. Biorąc pod uwagę ich głębokowodne siedlisko i rozmiar, potencjalnymi drapieżnikami są:
- Większe ryby: Dorsz, merluz, loki.
- Rekiny: Głębokowodne rekiny, np. rekiny wielkogłowe lub śpiące.
- Mądre i ośmiornice: Oportunistyczne drapieżniki głębin.
Czynniki jak rozmiar wężoryby, zachowanie i lokalizacja wpływają na wrażliwość. Potrzeba więcej badań dla jasniejszego obrazu.