Morskie konie są wrażliwe na wielu drapieżników morskich, bo są słabe pływaki i nie mają kolców ochronnych. Ich głównych drapieżników to:
- Ryby takie jak tuńce, ryby mieczniki i makrele.
- Ptaki, w tym kormorany, pelikany i mewy.
- Ssaki morskie jak foki i delfiny.
- Skorupiaki w tym krewetki i kraby.
- Głowonogi takie jak męczennice i ośmiornice.
- Inne morskie konie, zwłaszcza większe gatunki polujące na mniejsze.