Choć rekiny to drapieżniki szczytowe, mają naturalnych wrogów. Większe rekiny, w tym wielkie białe i tygrysie, mogą polować na mniejsze gatunki. Orki polują i zabijają rekiny, a niektóre duże ryby i ssaki morskie mogą atakować młode rekiny. Ludzie stanowią największe zagrożenie przez przełów, przylowy i niszczenie siedlisk.
Ochrona rekinów jest kluczowa dla zdrowych ekosystemów oceanicznych.