Rekiny młotowe to drapieżniki na szczycie łańcucha pokarmowego i mają niewielu naturalnych wrogów.
Wyjątki to większe rekiny, orki (wieloryby mordercze) oraz ludzie. Młode lub małe rekiny młotowe są najbardziej narażone.
Ludzie stanowią największe zagrożenie poprzez połów i niszczenie siedlisk.