Według Amerykańskiego Instytutu Geologicznego (U.S. Geological Survey), ekosystem wodny to społeczność „wzajemnie zależnych organizmów żyjących głównie w wodzie lub na niej”. Ekosystemy wodne można znaleźć w każdym zbiorniku wodnym: rzekach, stawach, jeziorach, obszarach mokradłowych, a nawet w kałuży.
Ekosystemy wodne słodkowodne
Według Environment Canada, ekosystemy wodne słodkowodne mogą obejmować stawy, jeziora, rzeki, strumienie i sezonowe mokradła słodkowodne. Organizmy tworzącą społeczność w ekosystemie słodkowodnym mogą zawierać mikroskopijne formy życia, takie jak bakterie i pierworodne, rośliny i glony pływające, ryby, trawy, owady, gady i ptaki.
Ekosystemy wodne słone
Przykładami ekosystemów słonych są oceany, morza i słone bagna. Dr Elizabeth Wenner z Instytutu Badań Zasobów Morskich opisuje słone bagna jako obszary, gdzie oceany spotykają się z wodami słodkimi. Przylotowe napływy wnoszą wodę słoną do bagien cyklicznie. Wenner mówi, że różne strefy w słonym bagnie będą wspierać różne rośliny i zwierzęta w zależności od zasolenia i poziomu wody.
Nietypowe ekosystemy wodne
Według Environment Canada, organizmy żywe znaleziono w źródłach termalnych, gdzie temperatura wody blisko punktu wrzenia. EC podaje też, że drobne robaki żyją w lodowcowych polach Jekona, a zanieczyszczona woda może gospodarować populacjom bakterii.