Jeziora dzielą się na trzy główne strefy ekologiczne:
Strefa litoralna (brzegowa): Płytka, nasłoneczniona strefa brzegu bogata w rośliny, owady, ryby i płazy.
Strefa limnetyczna (pelagialna): Otwarta, nasłoneczniona woda daleko od brzegu, siedlisko planktonu i ryb pelagicznych.
Strefa profundalna (głębokowodna): Głęboka, ciemna strefa pod zasięgiem światła, o niskich temperaturach, ubogiej tlenem, z procesami rozkładu.