Pingwiny cesarskie nie wędrują w tradycyjnym sensie, ale wykonują imponującą roczną podróż zwaną „długim marszem” do miejsc gniazdowania. Zimą antyktyczną idą w głąb lądu przez lod morzowy do schronionych obszarów przybrzeżnych lub zatok.
Po trybach i parowaniu samica składa jedno jajo, które samiec wyleguje na swoich stopach, ściskając się z innymi dla ciepła. Po ok. 65 dniach wykluwa się pisklę. Rodzice na zmianę wędrują do oceanu po pożywienie, a pod koniec lata pisklęta opierają się i kolonia wraca do morza.