Węgorze zamieszkują szeroki wachlarz środowisk: rzeki, jeziora, strumienie w wodzie słodkiej, a także oceany, zatoki i ujścia w wodzie słonej. Niektóre gatunki są wyłącznie słodkowodne lub morskie, wiele jest diadromicznych – wędruje między środowiskami w cyklu życia.
Węgorze słodkowodne: Rzeki, potoki, jeziora, stawy. Np. węgorz amerykański i europejski – płytkie, zarośla, dno muliste/piaszczyste.
Węgorze morskie: Rafy koralowe, wybrzeża skałkowate, plaże piaskowe, głębiny. Np. moryny, kongrowie – chowają w szczelinach, pod kamieniami.
Węgorze diadromiczne: Część życia w wodzie słodkiej, część w słonej – zazwyczaj tarła w wodzie słodkiej, wędrówka do morza na wzrost, powrót do tarła.