Siedliska aligatorów zależą od gatunku:
- Aligator amerykański: Słodkie bagna, rzeki, jeziora i torfowiska w południowo-wschodnich USA.
- Aligator chiński: Siedliska słodkowodne w wschodniej Chinach, zwłaszcza dorzecze Jangcy.
- Kaiman czarny: Błota słodkie, rzeki i jeziora w Ameryce Południowej.
- Krokodyl amerykański: Błota przybrzeżne, rzeki i ujścia w Ameryce Północnej, Środkowej i Południowej.
- Krokodyl solny: Siedliska przybrzeżne, ujścia, mangrowy i wody sałowe w Azji Południowo-Wschodniej i północnej Australii.
Aligatorzy preferują płytkie, zarośla wody i budują gniazda na brzegach rzek lub jezior. Są półwodne i sonią się na lądzie.