Koncept gatunku morfologicznego ma kilka wad. Jedną z głównych jest to, że nie można go zastosować do organizmów rozmnażających się bezpłciowo. Ponieważ organizmy bezpłciowe nie mają odrębnych płci i barier rozmnażających oddzielających gatunki płciowe, może być trudne ustalenie, co stanowi gatunek. W rezultacie koncept morfologiczny nie zawsze jest użyteczny do klasyfikowania organizmów bezpłciowych.