Potencjalne konsekwencje wyginięcia rekina wieloryba obejmują zakłócenia ekosystemów morskich, które opierają się na ich obecności w transporcie składników odżywczych i utrzymywaniu troficznych sieci pokarmowych. Zakłócenia te mogą z kolei wpływać na inne gatunki morskie, w tym te zebrane do spożycia przez ludzi, ale wszelkie wpływ na połowy ludzkie byłyby prawdopodobnie pośrednie i nie tak tragiczne, jak te spowodowane przełapaniem, zmianami klimatu i zniszczenia siedlisk.
Ostatecznie rekiny wielorybów mają minimalne bezpośrednie znaczenie dla życia ludzkiego w porównaniu z innymi gatunkami zagrożonymi, które zapewniają żywność, wspieranie usług ekosystemowych, a nawet służą jako źródła spostrzeżeń naukowych i medycznych.