Gatunki zagrożone wpływają na rodzimie sieci pokarmowe w złożony sposób:
Role pozytywne: Drapieżnicy kontrolują populacje ofiar, zapylacze wspierają rozmnażanie roślin, rozsiewacze nasion utrzymują społeczności roślin.
Negatywne skutki zaginięcia: Wyginięcie gatunku kluczowego (keystone) może wywołać kaskady troficzne, zmienić konkurencję i zredukować usługi ekosystemowe: kontrolę szkodników, filtrację wody.
Ochrona gatunków zagrożonych pomaga utrzymać zdrowe, zróżnicowane i odporne ekosystemy.