Ogólnie rzecz biorąc, ryby mogą tolerować niskie stężenie kwasu octowego przez krótki czas. Jednak przedłużone narażenie lub narażenie na wyższe stężenia może powodować znaczne szkody. Toksyczność kwasu octowego do ryb również różni się w zależności od gatunku. Niektóre ryby są bardziej wrażliwe na zakwaszenie niż inne.
Kwas octowy może również wpływać na jakość wody w akwarium lub stawie, szczególnie jeśli jest dodawany w dużych ilościach. Może obniżyć pH wody, czyniąc ją bardziej kwaśną. Może to być szkodliwe dla ryb i innych organizmów wodnych, ponieważ są one dostosowywane do określonego zakresu pH.
Dlatego konieczne jest zachowanie ostrożności przy użyciu kwasu octowego w akwariach lub stawach. Powinien być stosowany tylko w małych ilościach i do określonych celów, takich jak dezynfekcja sprzętu akwariowego lub leczenie niektórych chorób. Nadużywanie lub niewłaściwe stosowanie kwasu octowego może prowadzić do niekorzystnego wpływu na ryby i inne życie wodne.