Jakość wody ma ogromny wpływ na hodowlę ryb. Kluczowe parametry to tlen rozpuszczony, temperatura, pH, zasolenie oraz obecność toksyn i patogenów. Zła woda prowadzi do chorób, wolnego wzrostu i wyższego współczynnika zgony. Hodowcy kontrolują te czynniki poprzez monitoring, filtrację, arację i regularne wymiany wody.