Fitoplankton: Zakwity glonów często wiążą się z szybkim wzrostem niektórych gatunków fitoplanktonu, czyli mikroskopijnych glonów tworzących podstawę łańcucha pokarmowego w środowiskach wodnych. Chociaż niektóre fitoplankton są korzystne jako źródło pożywienia dla zooplanktonu, nadmierny wzrost może prowadzić do braku równowagi w ekosystemie.
Zooplankton: Zooplankton to małe zwierzęta żywiące się fitoplanktonem. Podczas zakwitu glonów nagły wzrost liczebności fitoplanktonu może prowadzić do szybkiego wzrostu populacji zooplanktonu. Jednakże w miarę zmniejszania się zakwitu glonów zooplankton może stanąć w obliczu niedoboru pożywienia, co prowadzi do spadku populacji i ograniczonej dostępności pożywienia na wyższych poziomach troficznych.
Ryby: Głównym źródłem pożywienia dla ryb jest zooplankton. Kiedy populacja zooplanktonu spada w wyniku zakwitu glonów, dostępność pożywienia dla ryb może być ograniczona. Może to mieć wpływ na ich wzrost, reprodukcję i ogólny stan zdrowia, prowadząc do potencjalnego spadku populacji ryb.
Organizmy bentosowe: Organizmy bentosowe żyją na dnie stawu lub w jego pobliżu. Zakwity glonów mogą tworzyć gęste maty na powierzchni wody, blokując dostęp światła słonecznego do strefy bentosowej. Ta zmniejszona dostępność światła może negatywnie wpływać na fotosyntezę i wzrost roślin bentosowych, które służą jako pokarm i siedlisko dla różnych organizmów.
Wyczerpywanie się rozpuszczonego tlenu: Podczas zakwitu glonów nadmierny wzrost glonów zużywa dużą ilość tlenu podczas fotosyntezy. Gdy glony obumierają i rozkładają się, uwalniają materię organiczną do wody, co jeszcze bardziej zwiększa zużycie tlenu przez rozkładające się organizmy. Proces ten może prowadzić do wyczerpania się tlenu, tworząc warunki niedotlenienia, które stresują lub zabijają organizmy wodne.
Wahania pH i dwutlenku węgla: Zakwity glonów mogą zmieniać pH i poziom dwutlenku węgla w wodzie. W ciągu dnia intensywna fotosynteza prowadzona przez glony może podnieść pH i obniżyć poziom dwutlenku węgla. I odwrotnie, w nocy, gdy fotosynteza ustaje, glony oddychają i uwalniają dwutlenek węgla, obniżając pH i zwiększając poziom dwutlenku węgla. Wahania te mogą zakłócać procesy oddechowe i metaboliczne innych organizmów wodnych.
Toksyny i allelopatia: Niektóre zakwity glonów wiążą się z rozwojem szkodliwych gatunków glonów wytwarzających toksyny. Toksyny te mogą gromadzić się w wodzie i wpływać na różne organizmy, w tym ryby, zooplankton i inne organizmy wodne. Ponadto niektóre glony mogą uwalniać substancje allelopatyczne, które hamują wzrost lub przeżycie innych organizmów, jeszcze bardziej zakłócając ekosystem.
Ogólnie rzecz biorąc, zakwity glonów mogą zakłócić delikatną równowagę ekosystemów stawów, zmieniając sieci troficzne, powodując zubożenie tlenu, wprowadzanie toksyn i wpływając na ogólny stan zdrowia i przetrwanie różnorodnych organizmów wodnych.