Węgorze morskie używają kilku mechanizmów ochrony przed zagrożeniami:
Potężne szczęki: Solidne szczęki z ostrymi zębami mogą zadziałać poważne ugryzienie drapieżnikowi lub postrzeganemu zagrożeniu.
Gruba skóra: Ich skóra jest gruba, śliska i z twardej tkanki łącznej, dająca pewną ochronę przed urazami.
Śluz: Gruczoły śluzowe tworzą śliską warstwę, utrudniąją chwyt drapieżnikom.
Ucieczka do schronienia: Węgorze morskie często chowają w norach, szczelinach lub dziurach w rafach koralowych i skałach, błyskawicznie uciekając gdy zagrożone.
Agresja: Są samotne i terytorialne. Gdy zagrożone, mogą otwierać paszcze i demonstrować ostre zęby jako ostrzeżenie.
Jad: Niektóre gatunki, zwłaszcza z rodzaju Gymnothorax, produkują jadowitą ślinę powodującą ból i uszkodzenia tkanki, służącą głównie do poddawania ofiar, ale też do obrony.