1. Jelita: Salmonella kolonizuje i rozmnaża się głównie w przewodzie pokarmowym, szczególnie w jelitach. Bakterie mogą szybko namnażać się w jelicie cienkim, powodując stan zapalny i związane z nim objawy, takie jak biegunka, ból brzucha, gorączka i nudności.
2. Krezkowe węzły chłonne: W ramach odpowiedzi immunologicznej organizmu Salmonella może zaatakować krezkowe węzły chłonne, które znajdują się w pobliżu jelit. W tych węzłach chłonnych bakterie mogą się namnażać i powodować stany zapalne.
3. Wątroba i śledziona: W ciężkich przypadkach, zwłaszcza w przypadku inwazyjnej Salmonelli nietyfoidalnej (iNTS), bakterie mogą rozprzestrzeniać się w krwiobiegu i docierać do wątroby i śledziony. Tutaj Salmonella może rozmnażać się w tkankach i komórkach Kupffera wątroby i makrofagach śledziony.
4. Pęcherz żółciowy: U osób z chorobami podstawowymi, takimi jak kamienie żółciowe lub zaburzenia dróg żółciowych, Salmonella może kolonizować pęcherzyk żółciowy i namnażać się w żółci. Może to prowadzić do zapalenia pęcherzyka żółciowego (zapalenia pęcherzyka żółciowego).
5. Inne witryny: W rzadkich przypadkach może wystąpić choroba rozsiana, umożliwiająca Salmonelli rozprzestrzenienie się na inne narządy i tkanki poza przewodem pokarmowym, takie jak krwiobieg (bakteremia), kości, stawy, opony mózgowe i zastawki serca. Następnie w tych zainfekowanych miejscach może nastąpić rozmnażanie.