Jesiotr jeziorny jest uważany za zagrożony z kilku powiązanych powodów:
- Nadmierne rybołówstwo: Intensywne łowienie w XIX i na początku XX w., napędzane popytem na kawiarkę i mięso, spowodowało gwałtowne spadki populacji.
- Utrata i fragmentacja siedliska: Zapory, bagrowanie i zanieczyszczenie zdegradowały lub zablokowały dostęp do czystych, głębokich wód i miejsc tarła, których jesiotr wymaga.
- Wolny wzrost i późna dojrzałość: Jesiotr jeziorny może potrzebować do 20 lat do dojrzałości płciowej, co sprawia, że wyczerpane populacje odbudowują się bardzo wolno.
- Zanieczyszczenie i degradacja jakości wody: Zanieczyszczenia przemysłowe, rolnicze i miejskie szkodzą jesiotrom bezpośrednio i pośrednio przez wpływ na pożywienie i siedlisko.
- Nielegalne rybołówstwo: Mimo regulaminów ochronnych, braconierstwo i nielegalne pozyskiwanie nadal zagrażają odbudowie.
- Konkurencja z gatunkami inwazyjnymi: Gatunki inwazyjne, jak lampretka morska i babka krążkowata, konkurują z jesiotrem o pożywienie i siedlisko.
Działania ochronne, regulaminy ochronne i renowacja siedlisk są niezbędne do ochrony i odbudowy populacji jesiotra jeziornego.