Gdyby megalodony wciąż istniały, ich obecność drastycznie zmieniłaby morskie ekosystemy. Jako drapieżniki szczytowe, zakłóciłyby łańcuchy pokarmowe, potencjalnie konkurując z lub polując na orki i wielkie rekiny białe. Populacje wielorybów, fok i innych dużych zwierząt morskich mogłyby maleć, wpływając na cyklowanie składników i bioróżnorodność. Niektóre gatunki mogłyby zmienić zachowanie i dystrybucję, by unikać drapieżnictwa. Megalodony mogłyby też wpływać na ekoturystykę, rybołówstwo komercyjne i bezpieczeństwo wybrzeży. Naukowcy intensywnie ich badałyby, by zrozumieć biologię i rolę ekologiczną. To scenariusze hipotetyczne, bo brak dowodów na istnienie megalodonów dzisiaj.