Megalodon nie „uformował się” w sensie sztucznego stworzenia. Był to naturalnie wyewoluowany gatunek rekina, który rozwinął się i prosperował w swoim czasie. Podobnie jak w przypadku wszystkich innych gatunków, istnienie i cechy megalodona zostały ukształtowane w wyniku procesów doboru naturalnego i adaptacji do środowiska na przestrzeni milionów lat.
Megalodon wyewoluował z mniejszych przodków z rodzaju Otodus. Z biegiem czasu niektóre gatunki w tej linii doświadczyły korzystnych mutacji genetycznych, które pozwoliły im urosnąć i rozwinąć silniejsze szczęki i zęby, co doprowadziło do pojawienia się megalodona. Dostępność obfitej ofiary oraz warunki środowiskowe panujące w epoce miocenu i pliocenu również przyczyniły się do sukcesu i dominacji megalodona w jego ekosystemie.