Konik morski karłowaty ma w skórze warstwę wyspecjalizowanych komórek zwanych chromatoforami. Chromatofory zawierają granulki pigmentu, które można rozproszyć lub skoncentrować, aby zmienić kolor skóry. Konik morski ma również sieć maleńkich mięśni, które mogą kontrolować ruch chromatoforów. Dzięki temu konik morski szybko zmienia kolor, aby dopasować się do otaczającego go koralowca.
Oprócz zmiany koloru konik morski karłowaty może również zmieniać fakturę swojej skóry. Osiąga się to za pomocą drugiego typu wyspecjalizowanych komórek, zwanych brodawkami skórnymi. Brodawki skórne to małe, mięsiste wypustki, które można unosić lub opuszczać, aby zmienić teksturę skóry. Konik morski karłowaty wykorzystuje tę adaptację, aby dopasować się do tekstury otaczających go koralowców, co jeszcze bardziej utrudnia drapieżnikom dostrzeżenie.
Zdolność karłowatego konika morskiego do kamuflażu jest niezbędna do jego przetrwania. Pozwala im to wtopić się w otoczenie i uniknąć zjedzenia przez drapieżniki. Jest to również pomocne podczas polowania na ofiarę, ponieważ może wykorzystać swój kamuflaż do zaatakowania ofiary.