Aby ustalić, czy gatunek wyginął, używając drzewa filogenetycznego, badacze stosują staranną procedurę:
Zlokalizuj gałąź: Najpierw zidentyfikuj gałąź na drzewie reprezentującą badany gatunek.
Zbadaj status gałęzi: Sprawdź, czy linia prowadząca do tego gatunku się kończy, czy kontynuuje. Jeśli gałąź kończy się bez potomków, sugeruje to wyginiecie gatunku. Jeśli gałąź kontynuuje się i rodzi dalsze linie, gatunek uważa się za żyjący.
Sprawdź z innymi dowodami: Dane filogenetyczne powinny być wspierane przez znaleziska kopalne, dokumenty historyczne i obserwacje terenowe. Łączenie wielu linii dowodowych zwiększa pewność wniosku.
Podsumowując, analiza wzorców rozgałęziania i ich weryfikacja zewnętrznymi rekordami to klucz do ustalenia, czy gatunek zniknął.