Mimo że rekiny białoryby to drapieżniki szczytowe, mają naturalnych wrogów i zagrożenia:
- Inne rekiny białoryby: Są kanibalistyczne i mogą polować na mniejsze jednostki swojego gatunku.
- Orki: Wieloryby zabijają i zjadają rekiny białoryby.
- Foki słoniowe: Te duże ssaki morskie potrafią się bronić i znane są z zabijania rekinów białorybów.
- Lwy morskie: Zwinne lwy morskie bywają w stanie uniknąć ataku i zranić rekinę.
- Wieloryby gronkowate: Te potężne wieloryby obserwowano, jak uderzają ogonami, by oszalać lub omdlić rekiny białoryby.
Ludzie stanowią też duże zagrożenie przez połowy, przyłów i degradację siedlisk.