Istnieją jednak dwa podgatunki:
* Hippopotamus amphibius amphibius: Jest to nominowane podgatunki i występują w większości zasięgu hipopotamów w Afryce Subsaharyjskiej.
* Hippopotamus amphibius kiboko: Te podgatunki występują na zachodzie od zasięgu gatunku, głównie w Afryce Zachodniej.
Należy zauważyć, że te dwa podgatunki są bardzo podobne, a różnice między nimi są subtelne. Niektórzy twierdzą, że w ogóle nie są odrębnymi podgatunkami, ale raczej populacjami w jednym gatunku.
Istnieje również pygmy hipopotam (choeropsis liberiensis) , który jest odrębnym gatunkiem całkowicie i znacznie mniejszym niż zwykły hipopotam. Znajdują się w lasach Liberii i Sierra Leone.
Tak więc, chociaż istnieją różne populacje i podgatunki hipopotamów, istnieje tylko jeden prawdziwy gatunek hipopotamu: Hippopotamus amphibius.