Istnieje tylko jeden gatunek hipopotama: Hippopotamus amphibius, powszechnie zwany hipopotamem pospolitym lub po prostu hipopotamem.
Występują jednak dwa podgatunki:
- Hippopotamus amphibius amphibius: Występuje na większości zarevieru hipopotama w Afryce południowo-saharyjskiej.
- Hippopotamus amphibius kiboko: Występuje głównie w Afryce Zachodniej.
Istnieje też hipopotam karłowy (Choeropsis liberiensis), który jest zupełnie oddzielnym gatunkiem i znacznie mniejszy. Żyje w lasach Liberii i Sierra Leone.
Podsumowując: mimo różnych populacji i podgatunków, istnieje tylko jeden prawdziwy gatunek hipopotama: Hippopotamus amphibius.