Gniazda orłów łysich nie są z kamieni i błota. Buduje się je głównie z gałązek i kłaków. Te masywne struktury zazwyczaj powstają wysoko na wysokich drzewach i mogą mieć do 3 m szerokości i 1,8 m głębokości.
Orły łysie często używają tego samego gniazda rok po roku, dodając nowy materiał każdego sezonu gniazdowego. Z czasem gniazda stają się ogromne, ważąc setki kilogramów, gdy pokolenia orłów kontynuują ich rozbudowę i utrzymanie.