Lemury mają wrodzonych drapieżników w swoich naturalnych siedliskach. Fossana (Cryptoprocta ferox), mięsożerne ssaki endemiczne dla Madagaskaru, to główny drapieżnik zdolny zabić nawet duże lemury. Drapieżne ptaki – jastrzęby, orły i sowy – polują na lemury, używając ostrych pazurów i dziobów. Kilka gatunków węży, w tym boa i pythony, również poluje na lemury, dusząc je.
Wprowadzone zwierzęta domowe, jak koty i psy, mogą gonić i zabić lemury. Ludzie pozostają jednym z największych zagrożeń przez polowanie na futro, mięso i medycynę, a także niszczenie siedlisk przez wycinkę drzew, górnictwo i rolnictwo.