IUCN zalicza 8 z 98 gatunków nietoperzy podkowiakowych (Rhinolophus) do zagrożonych. Główne przyczyny:
- Utrata siedliska i zmiany klimatu: Wycinka lasów pod rolnictwo, urbanizację niszczy schrony (jaskinie, pęknięcia, soffity) i obszary żerowania. Zmiana klimatu przesuwa rozkład owadów – pożywienia nietoperzy.
- Polowanie i prześladowania: W Azji nietoperze jadzone jako delikates lub stosowane w medycynie ludowej; niszczone jako "szkodniki" w budynkach.
- Choroby: Podatne na pasożyty, grzyby (np. białonosiźnie – white-nose syndrome w Ameryce, choć tam inne gatunki). Koronawirusy wykryte u podkowiaków – ale nie wszystkie gatunki przenoszą choroby, a ich rola w kontroli owadów i zapylaniu jest kluczowa.
- Niedostateczne ochrona: Mała wiedza o potrzebach ekologicznych, mało skutecznych programów ochrony.
Ochrona wymaga: badań, ochrony schronisk i miejsc żerowania, edukacji (nietoperze = sojusznicy rolników), współpracy rządów, NGO i społeczności.