Hipopotamiki pygmejskie żyją w małych grupach rodzinnych po 2–5 osobników, czasem do 8 lub więcej. Samce dorosłe nie są terytorialne, ale ustanawiają hierarchię dominacji, używając kłów i kłów piszczelnych do walk o dominancję i obrony stada.
Są głównie nocne, spędzając dni w wodzie lub w norach wykopanych pod brzegami rzek, a wychodząc w nocy na pastwiska. Ich dieta to głównie trawy, liście, owoce i kora.