Sokół wędrowny siedzi na szczycie łańcucha pokarmowego jako drapieżnik szczytowy, co oznacza, że zdrowe osobniki dorosłe mają w naturze prawie zero naturalnych wrogów. Mimo to ich życie nie jest bez zagrożeń.
Inne ptaki drapieżne, w tym orły i jastrzębie, mogą konkurować z sokolami o pokarm i terytorium i sporadycznie atakować dorosłe osobniki lub gniazda. Duże ptaki, takie jak kruki i wrony, mogą celować w jaja lub słabe pisklęta. Ssaki jak lisy, kojoty i szopy czasem plądują gniazda w poszukiwaniu jaj i młodych. Może największe zagrożenie stanowią ludzie, których niszczenie siedlisk, zanieczyszczenie i historyczne presje polowe istotnie wpłynęły na populacje sokoli wędrownych.