Trudno określić dokładną liczbę margayów, ponieważ są trudno dostępne i żyją w trudno dostępnych rejonach. Według Międzynarodowego Związku Ochrony Przyrody (IUCN) margay jest sklasyfikowany jako „bliski zagrożeniu” (Near Threatened) ze względu na utratę siedliska i polowanie.
Populacja margaya jest w spadku, szacuje się, że w naturze może pozostało mniej niż 10 000 dorosłych osobników.