Ammonity zniknęły podczas wyginiec kredowo-paleogenowej, ok. 66 mln lat temu. To masowe wyginiecie zniosło też nielotne dinozaury i wiele innych form życia.
Wiodąca teoria głosi, że asteroidę lub kometę uderzyła w terenie dzisiejszego Chicxulub w Meksyku, uwolnij ogromne ilości ciepła, pyłu i gazów do atmosfery. Rezultująca globalna perturbacja klimatu sprawiła, że przetrwanie było niemożliwe dla wielu gatunków.
Ammonity były wśród wielu stworzeń morskich, które poginęły. Ich bliscy krewni, Koleoidea, przetrwali i zdywersyfikowali się w nowoczesne cefalopody: ośmiornice, kalmary i sepie.
Wyginiecie miało zasięg globalny i dotknęło organizmów morskich i lądowych w różny sposób, ale zniknięcie ammonitów oznaczało koniec linii, która kwitła przez setki milionów lat.