Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) szacuje populację tapira malaijskiego na 1400–4500 osobników. Szacunek oparty na ograniczanych danych – rzeczywista liczba może być inna.
Tapir malaijski ma status EN (zagrożony) przez utratę siedlisk, bractwo i polowania.