Muchy domowe mają wielu naturalnych wrogów:
Pająki łapią w sieciach. Ptaki (jaskółki, modronose) łapią w locie. Jaszczurki (gejkoń, kameleon) łapią na ścianach. Żaby i ropuchy – lepkie języki. Modlitewniki – zasedy. Różnica muchomorów (Venus flytrap) – specjalne liście. Lepy na muchy – papier klejący/atraktanty. Pestycydy – zabijają, ale ostrożnie by nie szkodzić innym zwierzętom i ludziom.