Jaja rybki mucholowki są drobne, mają około 1–2 milimetry średnicy. Zazwyczaj są owalne lub okrągłe z gładką powierzchnią i złożone w klastra, które mogą zawierać kilka set jaj.
Jaja wylęgają się w larwy, które w ciągu kolejnych tygodni rozwijają się w młode rybki mucholowki.