Polowanie: Na jaguary poluje się również ze względu na futro i inne części ciała. Ich zęby i pazury są często sprzedawane jako pamiątki, a czasami spożywane jest ich mięso. Na niektórych obszarach poluje się na jaguary również w celach sportowych.
Konflikt z ludźmi: Jaguary mogą czasami wchodzić w konflikt z ludźmi, zwłaszcza gdy polują na zwierzęta gospodarskie. Może to doprowadzić do tego, że farmerzy i rolnicy będą zabijać jaguary w odwecie.
Zmiany klimatyczne: Zmiana klimatu ma również negatywny wpływ na jaguary. W miarę ocieplania się klimatu siedliska jaguarów stają się coraz gorętsze i bardziej suche, co utrudnia im przetrwanie.
W wyniku tych zagrożeń Jaguary zostały obecnie sklasyfikowane przez Międzynarodową Unię Ochrony Przyrody (IUCN) jako „bliskie zagrożenia”. Oznacza to, że istnieje ryzyko ich wyginięcia w najbliższej przyszłości, jeśli nie zostaną zintensyfikowane działania ochronne.