Alpinowy szczur łniowaty jest zagrożony przez utratę i fragmentację siedliska w swoim alpijskim i subalpijskim środowisku leśnym, napędzaną wycinką lasów i zmianami klimatycznymi. Wprowadzone drapieżniki obce, takie jak dzicie koty, psy i kuny, naciskają populację. Choroby mogą się szybko rozprzestrzeniać wśród szczurów, a polowanie na futro i mięso dalej redukuje ich liczebność.