Wydry morskie stoją przed kilkoma poważnymi zagrożeniami:
Drapieżnictwo orek: Orki to główni drapieżnicy wydr morskich i mogą odpowiadać za aż 20% śmiertelności w niektórych rejonach.
Choroby: Wydry morskie są wrażliwe na infekcje bakteryjne, wirusowe i pasożytnicze, z których niektóre mogą być śmiertelne, zwłaszcza dla młodych zwierząt.
Zagłodzenie: Wydry morskie zależą od kelpu i innych bezkręgowców morskich jako pożywienia. Gdy zapasy pokarmowe się wyczerpują, mogą zgłodnieć.
Aktywność ludzka: Wydry morskie mogą zostać zabite strzałem, utopione lub splątane w sieciach rybackich.