Małpy pająkowe mają niewielu naturalnych drapieżników ze względu na swoją wielkość i zwinność, ale nie są do nich odporne.
Jaguary, orły harpii i duże boje ściskające mogą polować na nie, zwłaszcza młode lub rannych osobników. Ludzie pozostają znaczącym zagrożeniem przez polowanie i niszczenie siedlisk.
Zdrowe, dorosłe osobniki są generalnie bezpieczne przed większością drapieżników.