Żółwie nie żyją permanentnie pod wodą – to gady półwodne. Większość gatunków musi regularnie wypluwać na powierzchnię, by wdychać powietrze płucami przez nosowe otwory lub usta, podobnie jak ludzie. Pancerz chroni, nie służy do oddychania.
Niektóre w pełni wodne gatunki, np. żółw zgryzowiec czy matamata, potrafią pobierać tlen przez specijalizowane błony w jamie ustnej lub pochwowej. Mimo to wciąż głównie dyszą płucami, wychodząc na powierzchnię. Choć duża część wymiany gazowej może odbywać się przez skórę/tkanki wystawione na wodę, te żółwie wciąż muszą regularnie wdychać świeże powietrze – w przeciwieństwie do prawdziwych zwierząt wodnych (ryb).