Orzeł filipiński poluje głównie na lemury latające (koluga), wiewiórki, małpy i inne małe do średnich ssaki leśne. Konkretne ofiary to wielkie wiewiórki latające i makaki filipińskie. Okazjonalnie mogą polować na szczury, nietoperze i inne małe ssaki. Jako drapieżniki szczytowe nie mają naturalnych wrogów i używają potężnych pazurów do skutecznego łowienia.