Pelikany mają kilku naturalnych drapieżników, zwłaszcza gdy są młode lub wrażliwe. Dorosłe pelikany zagrożone są głównie przez duże gady: aligatora i krokodyle, oraz potężne ptaki drapieżne: orły, jastrzębie, sowy.
Jaja i pisklęta są w jeszcze większym niebezpieczeństwie – węże, kojoty, szopki znane z polowania na nie. Ci drapieżnicy kształtują zachowania i strategie gniazdowania pelikanów w naturze.