Mimo że ssaki i ptaki to kręgowce, kilka kluczowych cech je odróżnia:
Gruczoły mleczne: Ssaki produkują mleko do karmienia młodych; ptaki nie.
Włosy lub futro: Większość ssaków ma włosy lub futro do izolacji, ptaki mają pióra.
Endotermia: Obie grupy generują własne ciepło, choć ich mechanizmy fizjologiczne różnią się.
Rozmnażanie: Większość ssaków rodzi żywe młode, ptaki składają jaja (z rzadkimi wyjątkami po obu stronach).
Budowa serca: Obie mają serca czterokomorowe, ale z różnicami strukturalnymi.
Krwinki czerwone: Krwinki ssaków nie mają jader i są dwuwypukłe; ptasie mają jądra i są owalne.
Przepona: Ssaki mają przeponę pomagającą oddychaniu; ptaki polegają na workach powietrznych.
Ucha zewnętrzne: Większość ssaków ma uszne (uszna muszły); ptaki zazwyczaj mają otwory uszne pokryte piórami.
Opieka rodzicielska: Ssaki zazwyczaj dają rozległe karmienie piersią i opiekę; ptaki też opiekują się młodymi, ale inaczej.
Kości uchu środkowego: Ssaki mają trzy kości; ptaki jedną (trybicę).
Te różnice odzwierciedlają odrębne ścieżki ewolucyjne i nisze ekologiczne ssaków i ptaków.