Kolibry mogą być gospodarstami wielu pasożytów, w tym pierwotniaków, bakterii, grzybów, wirusów i pasożytów zewnętrznych: pchły, weszki, ropuchy i kleszce. Pasożyty wewnętrzne, jak robaki, również je atakują.
Typowe problemy to: malaria ptasia, trichomonoza, salmonelloza, aspergilloza. Nie wszystkie kolibry mają pasożyty, a nasilenie się różni. Jeśli podejrzewasz pasożyty u kolibra, skonsultuj weterynarza.