Problemy szkieletowe
Munchkin ma krótkie nogi przy normalnym tułowiu – podobnie jak jamnik. Obawa o problemy z kręgosłupem jest nieuzasadniona: TICA (Międzynarodowe Stowarzyszenie Kotów) potwierdza, że krótkie nogi to naturalna mutacja, a kręgosłup kota inaczej zbudowany jest niż psa – munchkiny nie są narażone na choroby kręgosłupa. Lekko wygięte przednie łapy i bardzo krótkie nogi typu "rug-hugger" to norma.
Lordoza i wklęsłość klatki piersiowej
Lordoza – zapadnięcie kręgosłupa między łopatkami, ucisk na płuca, serce, trzewię. Pectus excavatum – wklęsłość klatki piersiowej (anomalia mostka i żeberek), może dotyczyć serca i bolać. Badania nie wykazały, by munchkiny częściej chorowały na te wady niż inne rasy.
Inne zagrożenia
Różnica ogranicza się do długości nóg. Brak dowodów na genetyczne skłonności do chorób nieznanych innym kotom. Munchkiny chorują na te same choroby wirusowe (FIV, FeLV) – wymagają szczepień i badań profilaktycznych.