1. Ograniczona różnorodność genetyczna: Hodowla selektywna może prowadzić do zmniejszenia różnorodności genetycznej w populacji. Ograniczanie puli kojarzeń poprzez selekcję tylko niektórych osobników może zmniejszyć zmienność genów w populacji, co może zwiększyć jej podatność na choroby, zmiany środowiskowe lub inne wyzwania.
2. Chów wsobny i problemy zdrowotne: U blisko spokrewnionych osób ryzyko wystąpienia zaburzeń genetycznych i problemów zdrowotnych może być zwiększone w wyniku chowu wsobnego. Chów wsobny może wynikać z hodowli selektywnej, podczas której osobniki o pożądanych cechach są ze sobą wielokrotnie kojarzone.
3. Utrata innych cech: Koncentrowanie się na selekcji pod kątem określonych cech może prowadzić do utraty innych cennych cech w populacji. Na przykład podczas selektywnej hodowli w celu zwiększenia produkcji mleka u krów inne cechy, takie jak odporność na choroby lub jakość mięsa, mogą zostać przeoczone i potencjalnie osłabione.
4. Wachy etyczne: Hodowla selektywna budzi wątpliwości etyczne, zwłaszcza w przypadku zwierząt. Krytycy argumentują, że może to obejmować praktyki takie jak ubój, sztuczne zapłodnienie i modyfikacje genetyczne, które mogą zagrozić dobrostanowi i dobrostanowi zwierząt.
5. Ograniczona adaptacja: Hodowla selektywna może prowadzić do powstania zwierząt lub roślin, które dobrze nadają się do określonych środowisk lub celów, ale mogą brakować im zdolności adaptacyjnych, aby dobrze się rozwijać w zmieniających się warunkach lub różnych środowiskach.
6. Utrata tradycyjnej wiedzy i różnorodności biologicznej: W przypadku tradycyjnego rolnictwa lub praktyk rodzimych wysiłki w zakresie selektywnej hodowli podejmowane na dużą skalę mogą podważyć lokalną wiedzę, różnorodność odmian upraw oraz ochronę tradycyjnych ras i ekosystemów.
7. Koszty ekonomiczne: Hodowla selektywna często wiąże się ze znacznymi inwestycjami, takimi jak infrastruktura, technologia, wykwalifikowani specjaliści i programy hodowlane, które mogą być kosztowne i wymagać dużych zasobów.
Należy zauważyć, że konkretne koszty i wady hodowli selektywnej mogą się różnić w zależności od hodowanych organizmów, zakresu wysiłków hodowlanych oraz poziomu względów etycznych i zastosowanej wiedzy naukowej.