Selekcyjna hodowla niesie potencjalne koszty:
- Spadek różnorodności genetycznej: Wąskie puly hodowlane → większa wrażliwość na choroby i zmiany środowiska.
- Inbreeding i choroby genetyczne: Skrzyżowanie bliskich pokrewnych podnosi ryzyko wad.
- Utrata innych cech: Skupienie na wybranych cechach może osłabić inne cenne (np. odporność).
- Kwestie etyczne: Praktyki jak odbijanie lub modyfikacje genetyczne mogą naruszać dobrostan.
- Ograniczona adaptacja: Zwierzęta dopasowane do specyficznych warunków mogą nie radzić sobie ze zmianami.
- Utrada wiedzy tradycyjnej i bioróżnorodności: Przemysłowa hodowla marginalizuje rasy lokalne i odmiany.
- Koszty ekonomiczne: Programy hodowlane wymagają inwestycji w infrastrukturę, technologię, ekspertów.
Wysokość kosztów zależy od organizmu, skali, etyki i nauki zastosowanej.