Niebieskie oczy
Niebieskie oczy u huskiów syberyjskich są spowodowane dominującym genem, który dziedziczy się niezależnie od genu kontrolującego kolor sierści. Niebieskie oczy można spotkać u huskiów o dowolnym kolorze futra. Odcienie niebieskiego, które husky może odziedziczyć, wahają się od uderzającego biało-niebieskiego po jasny błękit nieba. Dramatyczny efekt koloru niebieskiego jest najbardziej widoczny u psów z ciemniejszymi futrami.
Brązowe oczy
Odcień brązowych oczu u huskiów syberyjskich może sięgać od bledobrązowego, przez niemal pomarańczowy, po prawie czarny. Odcień ten kontrolują „modyfikatory” wpływające na gen określający brązowe oczy. Modyfikatory decydują również o różnicach w długości sierści i kolorystyce futra. Czasami gen merle wpływa na kolorystykę brązowych oczu. Ten gen powoduje, że pies ma jedno niebieskie i jedno brązowe oko, co nazywa się „okiem ściennym” (wall eye). Husky może też mieć plamy niebieskie w brązowym oku, nazywane „rozdzielonym okiem” (split eye). Niebieska barwa w obu przypadkach jest wynikiem częściowej utraty pigmentu brązowego wywołanej przez gen merle.
Żółte oczy
Niektóre huskie syberyjskie mają żółte oczy z niebieskim lub szarym nasyceniem. Ta kolorystyka jest wynikiem odziedziczonego genu rozcieńczającego pewne kolory ciała psa. Ten gen wpływa na oczy oraz na futro. Obszary, które normalnie zawierałyby pigment czarny, stają się ciemnoszare. Obszary z rumianowato-żółtym pigmentem tracą swoje czerwone tony. Gen rozcieńczający kontroluje oba te pigmenty. Efekt ten widać u szarych huskiów z żółtymi oczami.
Bursztynowe oczy
Bursztynowe oczy są результатом odziedziczenia genu wpływającego na pigmentację w całym ciele. Husky syberyjski z bursztynowymi oczami posiada gen, który zastępuje pigment czarny kolorem czekoladowym lub rumianowato-czerwonym wszędzie, gdzie występuje na ciele. W efekcie to, co normalnie byłyby ciemnobrązowe oczy, staje się jaśniejszymi, złotymi i pomarańczowymi. Psy z bursztynowymi oczami również mogą podlegać wpływowi genu merle i mieć niebieskie „oczy ścienne” lub „rozdzielone oczy”.