HMS Beagle nie otrzymał nazwy od rasy psa bigiel. Pochodzenie nazwy statku nie jest w pełni wyjaśnione, ale istnieje kilka hipotez:
- Nazwa może pochodzić z przestarzałego angielskiego słowa „beagle” oznaczającego mały statek lub barkę, używanego już w XIV wieku dla lekko uzbrojonych jednostek rozpoznawczych i zaopatrzeniowych.
- Może być inspirowana Kanałem Beagle – wąskim cieśniną między Chile a Argentyną, nazwanej przez brytyjskich odkrywców pod koniec XVIII wieku.
- Niektórzy historycy sugerują wpływ Portu Beagle w Australii, nazwanej przez brytyjskich odkrywców w 1838 r., tuż przed słynnym rejsem HMS Beagle.