- Nazwa statku może pochodzić z przestarzałego starego angielskiego słowa „beagle”, co oznacza mały statek lub łódź statku. To słowo zostało użyte już w XIV wieku w odniesieniu do małego, lekko uzbrojonego statku, który był używany do rozpoznania i przenoszenia zapasów.
- Innym możliwym wyjaśnieniem jest to, że nazwa została zainspirowana przez kanał Beagle, wąską drogę wodną znajdującą się między Chile a Argentyną. Kanał został nazwany przez brytyjskich odkrywców pod koniec XVIII wieku i możliwe jest, że nazwa HMS Beagle została wybrana w odniesieniu do tej funkcji geograficznej.
- Niektórzy historycy sugerują również, że na nazwę HMS Beagle mogła mieć wpływ Beagle Harbour w Australii. Port znajduje się na terytorium północnym i został nazwany przez brytyjskich odkrywców w 1838 r., Krótko przed tym, jak HMS Beagle wyruszył w słynną podróż.