- Utrata i degradacja siedlisk: Pingwiny afrykańskie polegają na przybrzeżnych siedliskach hodowli, gniazdowania i karmienia, ale siedliski te zagrożone są działalnością człowieka, taką jak rozwój wybrzeża, zanieczyszczenie i przełowienie. W szczególności rozwój wybrzeża spowodował zniszczenie lub fragmentację miejsc lęgowych.
- Przechodzenie: Pingwiny afrykańskie są również zagrożone przełowieniem, ponieważ polegają na rybach na swoją dietę. Prze życie może zmniejszyć dostępność żywności dla afrykańskich pingwinów i utrudnić im przetrwanie. Niektóre gatunki ryb, na których polegają afrykańskie pingwiny, są przepłaty w celach konsumpcyjnych i rekreacyjnych.
- Zmiana klimatu: Zmiany klimatu to kolejne poważne zagrożenie dla afrykańskich pingwinów. Rosnące poziomy morza i zmiany w temperaturach oceanicznych mogą zakłócać cykl hodowlany pingwinów, zmniejszyć ich zaopatrzenie w żywność i prowadzić do zniszczenia ich miejsc lęgowych.
- Zanieczyszczenie: Zanieczyszczenie z różnych źródeł, w tym wycieki ropy, odpady z tworzyw sztucznych i wyładowanie ścieków, może również mieć negatywny wpływ na afrykańskie pingwiny. Wycieki oleju mogą pokryć pióra, dzięki czemu nie są w stanie regulować temperatury ciała i wodoodporne swoje ciała, co prowadzi do śmierci. Odpady z tworzyw sztucznych mogą być połknięte przez pingwiny i powodować blokady w swoich przewodach trawiennych, a wyładowanie ścieków może zanieczyścić ich źródła żywności.
- drapieżnictwo: Afrykańskie pingwiny stoją przed zagrożeniami ze strony drapieżników, zarówno na lądzie, jak i na morzu. Na lądzie mogą zostać zaatakowane przez Mongooses i Koty, podczas gdy na morzu mogą być żerowane przez rekiny i inne duże drapieżniki morskie.
Wszystkie te czynniki przyczyniły się do spadku afrykańskich populacji pingwinów, co doprowadziło do ich klasyfikacji jako zagrożonej przez Międzynarodową Związek Ochrony Przyrody (IUCN). Trwają wysiłki na rzecz ochrony w celu rozwiązania tych zagrożeń i ochrony pozostałych afrykańskich populacji pingwinów.