Błękitne wieloryby stały się zagrożone głównie przez komercyjne polowanie na wieloryby. W XIX i na początku XX wieku polowali na nie dla cennego tranu i mięsa.
Kluczowe czynniki spadku liczebności:
- Wysokie zapotrzebowanie: Tran z wielorybów używano do oświetlenia, smarowania, przemysłu, a tran z błękitnego wieloryba był szczególnie ceniony.
- Zaawansowana technologia: Harpuny i parowe statki ułatwiły polowanie na te szybkie, unikiwne zwierzęta.
- Przełowie: Rocznie zabijano setki błękitnych wielorybów na szczycie polowania, powodując gwałtowny upadek populacji.
- Wolna reprodukcja: Błękitne wieloryby dojrzewają ok. 10 r. i rodzą 1 młode co 2–3 lata, co utrudnia odbudowę.
- Ekspansja globalna: Polowanie rozprzestrzeniło się na Atlantyk, Pacyfik i Ocean Południowy, dezimując populacje worldwide.
Międzynarodowa moratoria na komercyjne polowanie na błękitne wieloryby uchwalono w 1966 r. przez Międzynarodową Komisję Walową. Choć niektóre populacje powoli się odbijają, błękitne wieloryby wciąż zagrażają degradacja siedlisk, zderzenia ze statkami i zagarnięcie w sieciach rybackich.