Szczegółowe zapisy o zwierzętach w misji San Jose (Misja Santa Clara) są skąpe, ale hiszpańskie misje w Kalifornii zazwyczaj trzymały:
Zwierzęta hodowlane
* Bydło do mięsa, mleka, skór i pracy.
* Owce do wełny.
* Konie do transportu i pracy.
* Świnie, kozy i kurczaki do mięsa i jaj.
Inne zwierzęta
* Psy do strażnictwa i polowania.
* Koty do kontroli gryzoni.
* Osioły do transportu towarów.
Dokładne zwierzęta zależały od zasobów i potrzeb misji. Ludzie tubylcy też korzystali z lokalnej fauny do pożywienia i celów duchowych.